伪造、变造、转让金融机构经营许可证与伪造、变造、买家机关公文、证件、印章罪及盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪的区别在于犯罪对象、行为方式不同。前者侵犯的是国家的金融管理制度，后者侵犯的是国家机关等的正常管理活动。犯罪对象和行为方式有交叉，但根据具体行为判断应属于哪种罪。犯罪行为会触犯金融管理法和刑事法，根据犯罪情节判决刑期和罚金。
法律分析
适用本罪时，应注意区分伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪与伪造、变造、买家机关公文、证件、印章罪及盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪的界限。
两者在犯罪对象、犯罪行为方式上都有易混淆之处，其主要区别在于：
1、侵犯的客体不同。前者侵犯的是国家的金融管理制度;后者侵犯的是国家机关、企业事业单位、人民团体的正常管理活动。
2、犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构经营许可证;后者的对象是公文、证件和印章。金融机构经营许可证当然也是一种证件，因而两者在犯罪对象上有交叉。
3、行为方式不完全相同。前者除伪造、变造外，尚有转让;后者除伪造、变造外，尚有买卖、盗窃、抢夺，毁灭。在实践中，如果是伪造、变造、转让金融机构经营许可证的，虽然金融机构经营许可证也居于一种证件，但由于立法上予以特别规定，因此应以伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪论处。如果行为人盗窃、抢夺、毁灭金融机构经营许可证的，应以盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪论处。
综合上面所说的，犯了变造金融机构批准文件这种行为已经触犯了金融的管理法，而且也触犯了我国的刑事法条，只要被认定为犯罪必定就会承担刑事的责任，但在处罚上面就会结合犯罪情节的大小来进行判决，不仅要承担有期徒刑还要承担相应的罚金。
结语
根据上述分析，变造金融机构批准文件的行为既触犯了金融管理法，也触犯了我国刑事法律。一旦定罪，必定会受到刑事责任的追究。然而，在判决时会综合考虑犯罪情节的严重程度，不仅可能面临有期徒刑，还可能需要支付相应的罚金。因此，对于从事此类犯罪的个人或组织，应当明确认识到其行为的严重性，并承担相应的法律后果。
法律依据
中华人民共和国刑法（2020修正）：第二编分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪第四节破坏金融管理秩序罪第一百七十四条未经国家有关主管部门批准，擅自设立商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构的经营许可证或者批准文件的，依照前款的规定处罚。
单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
中华人民共和国刑法（2020修正）：第二编分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪第四节破坏金融管理秩序罪第一百八十七条银行或者其他金融机构的工作人员吸收客户资金不入帐，数额巨大或者造成重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额特别巨大或者造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
中华人民共和国刑法（2020修正）：第二编分则第三章破坏社会主义市场经济秩序罪第四节破坏金融管理秩序罪第一百七十九条未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。