学科不参与评估可能有这么几个原因吧。
1、学院内部评估后觉得，学科实力不强，没必要出去厮杀。毕竟大家都会拿自己的优势学科去评估，大家都是冲着A和B去的，没谁想去评个C-吧。
2、学院刚刚经历震荡，比如刚刚更换学院领导，刚刚经历过学科合并与拆分，还在内部磨合期，不愿意去分散精力搞评估。
3、学院在等待参加学科评估的最佳时间节点。比如学科某些重要的科研成果赶不上这次评估，干脆放弃。因为假如某学科这次评估是B-，下次评估也只是间隔4年，很难评上A，专家组容易受到上一次评估的影响，就算有进步，顶多给你个B+。
4、部分非经管类的院校，没有区分应用经济学和理论经济学，统一按经济学一级学科和各个二级学科培养招生，学院内部还没有确定是用理论经济学还是应用经济学来参与评估。理论经济学和应用经济学之间的切换还是比较容易的。
5、上海交大是以工学、医学、理学、管理学、社会与语言等学科为支柱学科，经济学不被重视吧。